Ano, multidomain je certifikát, který kromě domény v Common Name obsahuje dalších až 99 domén, pro které je platný. Nabízí jej spousta firem, většinou za cenu blízko wildcard certifikátům. Ale pozor na to, že odchod libovolné domény a snaha o vystavení nového certifikátu pro ni ten multidomain zneplatní (či by alespoň měla, nevím, jak dobře CA implementují odvolávání těchto certifikátů).
Let's Encrypt podporuje jak více certifikátů pro jednoho uživatele, tak multidomain, oboje zdarma, takže jak konkrétně to namixovat, by mělo záležet hlavně na tom, jestli domény mohou odejít nebo ne.