Avidemux je spíš video editor, na konverzi kanón na vrabce. Normálně se to dělá třeba avconvem/ffmpegem:
avconv -i ble.mkv -acodec copy -crf 25 -y out.mkv
Jediný parametr, který tě asi zajímá, když tomu moc nerozumíš, je CRF, určuje kvalitu výstupu. Vyšší CRF, nižší kvalita. Začni s hodnotami kolem 25.