JetBrains IntelliJ IDEA, pro JavaScript stačí WebStorm. Se složitostí skriptu vám ale nepomůže žádné IDE, tam je podstatná organizace zdrojového kódu a modularizace. Já preferuju pro web Dojo, tedy modularizaci pomocí AMD. Případně verze ES6, pokud ji můžete použít, má podporu pro moduly už zahrnutou ve standardu jazyka – je to trochu něco jiného než AMD.