Neo4j neni zadna hipster databaze, ale odladenej tool s historii pres 10 let (ze maji posledni dobou hype je jen bonus..).
Po precteni toho co chces delat by pro me neo4j byla jasna volba. Umi to bezet embedded a pripadne i in-memory (to se teda pouziva pro testy..). Vezme si to par desitek MB pameti, ale to se v java webovce ztrati.
>filtrace nodu, skladani stromu jako by to byl jeden strom, jine transformace, ...
Cypher (dotazovaci jazyk neo4j) je specialne tvoreny na manipulace/prochazeni/transformace/agregace grafu (coz strom je) - idealni nastroj.
Jinak pokud chces fakt "knihovnu na stromy" tak co toto?
https://code.google.com/p/concurrent-trees/