To neděláš dobře, Jaromíre. Pokud bude ten adresářový strom trochu bohatší, tak se ti to vymstí.
Začátek docela ujde, jen by sis mohl trochu ujasnit pojmy. Neprocházíš složku, ale adresář. Neukládáš to do pole, ale do seznamu souborů $files.
Když narazíš na podadresář, tak bys ho měl rozpoznat funkcí is_dir() a rekurzívně projít. Znovu varuji, že si tím snadno spácháš DOS na vlastní server. Záleží pak na tom, zda chceš mít v paměti obraz toho adresářového stromu nebo plošný seznam všech souborů. Nedoporučuji ani jedno, viz výše. Obvykle je lepší nalezené názvy přímo zpracovat.
Dej si pozor na adresáře "." a ".." - určitě se nesnaž je procházet, je třeba je z dalšího zpracování vyloučit.