Autoneg pro gigabitový metalický režim IMO ani vypnout nejde.
Čili nechat auto-nego zapnutý, ale omezit množinu podporovaných rychlostí na Mikrotiku, aby protistraně nabízel jenom 1Gb. Odhadem něco jako:
/interface ethernet
set <rozhrani> auto-negotiation=yes
set <rozhrani> advertise=1G-baseT-full
set <rozhrani> speed=1G-baseT-full
...ten poslední řádek by ani neměl být potřeba.
https://help.mikrotik.com/docs/spaces/ROS/pages/8323191/EthernetEh ta dokumentace používá některé nešťastné formulace, ale vcelku je tomu myslím rozumět.
Předpokládám, že ten PON CPE box od providera umí taky 2.5 Gbps, a že mikrotik do logu nekecá, tzn. nejede to na gigu samo od sebe, skutečně se to snaží o 2.5 Gb. By mě zajímal rodokmen obou těch síťovek, ale to se asi nedozvíme. Například základem Vašeho Mikrotiku je SoC Qualcomm/Atheros IPQ6010 - nenašel jsem jasnou dokumentaci, zda je 2.5Gb Eth WAN port on-chip v IPQ SoCu nebo nějaký externí přes PCI-e.
Říkáte, že v defaultní konfiguraci = když má povolenou rychlost 2.5 Gbps, se to spojí, ale jednou za pár minut to upadne. Bylo by zajímavé, vidět počítadla chyb fyzické vrstvy (Frame Checksum Errors), ideálně z obou konců, ale možná by byl problém zřejmý i jednostranně na mikrotiku (vzhledem k tomu, že 1Gb a výš jede na metalice full duplex po každém páru zvlášť). Tzn. zkoumal bych něco jako
/interface ethernet print stats
Třeba by se dalo něco vylepšit na použitém propojovacím kabelu.