Pro osobní potřebu jsem zatím vystačil s variacemi na téma:
/data/{image,video,work,office,...}/YYYY-MM-DD-keywords/*
Řadu věcí mám repositáři ve verzovacím systému (včetně podkladům projektům apod.) Na organizované poznámky a dokumentaci používám destop wiki Zim (jehož data mám taky v repositáři). V práci Confluence a Bitbucket, soubory na neorganizované hromadě a v mailech

Osobně bych nejvíce ocenil nějaký pokročilý a rychlý omnisearch "na vše", kterým bych se mohl rychle dostat k cíli i když přesně nevím co hledám a v jakém kontextu jsem to naposledy viděl a zda to je skutečně to, co doufám, že by to mohlo být :-D