Nepříjemné, ale dá se s tím žít: Pomalá instalace pluginů, horší kompatibilita pluginů napříč verzemi Eclipse, hrozný výchozí vzhled.
Zásadní: občas nefunkční integrace s mavenem (občas se po buildu stane, že Eclipse nenajde žádné třídy a zdrojáky zčervenají, je potřeba jít do maven menu a dát update, opravdu otravné) a systém builderů, kde nelze v reálu zakázat build některých souborů (například některé javascript soubory jsou nezpracovatelné a pokud se je eclipse rozhodne analyzovat, analyzuje je donekonečna nebo do vyčerpání paměti - a ani restart a povypínání všech builderů a validátorů nepomůže, pomůže akorát dočasné přesunutí souborů jinam, pak úplný exclude těch souborů v nastavení projektu a následné vrácení těch souborů zpátky, což je otravné a se soubory pak v projektu nemohu pracovat).
Zkouším teď Intellij IDEA, kupodivu jsem nezaznamena žádnou bariéru a jsem schopen ho hned používat, vadí mí ale design orientovaný na práci v jediném okně a zobrazení chyb, které není tak přehledné jako v Eclipse. Trochu bojuju ještě s nastavením indentace pomocí TABů a nelze zřejmě nastavit čistě ruční ukládání souborů (na CTRL+S se uloží všechny modifikované soubory, v Eclipse jen aktuální buffer).
Podívejte se také na Eclipse Che
https://eclipse.org/che/