Hardwarovou čtečku QR kódů jsem nikdy neviděl (což nemusí nic znamenat). On je princip čtení QR kódů přeci jen velmi odlišný od čtení čárových kódů - čárový kód přečte laserová čtečka velmi snadno s jednoduchým hardwarem, naopak dekódovat ho v počítači z obrázku je komplikované. U QR kódu je to jinak, tam žádná laserová čtečka nepomůže, tam se prostě musí udělat obrázek a pak to softwarově dekódovat.
Z mobilu do aplikace to přenesete nejsnáze přes internet, přes nějaký společný server. Nebo faktury rovnou skenovat a QR kód rozpoznávat v PC ze skenu pomocí ZXing. Pokud faktury skenovat nechcete, pak už zbývá asi jen web kamera a čárový kód rozpoznávat pomocí ZXing z ní.
Velice se pletete HW čtečky QR kódů existují, stačí použít goodle. Bežně je v práci používáme ...
Funguje to tak, že čtečka přečte kód a vypíše obsah na výstup, jako klávesnice.
Takže Vaše tvrzení že neexistuje a SW dekódování je opravdu mimo ...
EDIT: a ne opravdu si nepletu 1D a 2D čtečky