Příspěvky

1

Server / Re:Linuxový cluster pro výpočty

« kdy: 28. 06. 2018, 12:17:10 »

Díky za info o latenci na Beowulf řešení i o Mosixu.

Metacentrum bez vyčleněného stroje je nepoužitelné. Když člověk zadá job na 48 cpu, tak akorát spadne do nekonečné čekací řady, a časem ještě hlouběji, protože optimalizátor vyhodnocuje úlohy pro 1-6 cpu jako realizovatelnější. Navíc je to velmi interaktivní práce, takže vlastní zdroje jsou nutné.

SW je kvalitně napsaný, škáluje sám a čím více zdrojů dostane, tím dříve se dopočítá řešení.

2

Server / Re:Linuxový cluster pro výpočty

« kdy: 27. 06. 2018, 21:15:51 »

Díky, ScaleMP by bylo asi to pravé, ale chtějí certifikovaný HW i pro free variantu.

3

Server / Re:Linuxový cluster pro výpočty

« kdy: 27. 06. 2018, 19:51:51 »

Díky za reakce.

- software je proprietární, primárně SMP, pro proteomické a metabolické výpočty
- používá lineární solvery (IPOPT apod.), generování extenzivních databází a jejich prohledávání, NVMe a mnoho vláken je nutnost
- je to hodně interaktivní proces, takže předplacení na výpočetním cloudu není ekonomické
- ano, threadripper je příští volba, s tou latencí vůbec nemám představu. Mohu je propojit gigabitovou linkou, což je asi maximum.

Máte někdo zkušenost s virtual SMP řešením od VMWARE nebo VirtualBoxu?

4

Server / Linuxový cluster pro výpočty

« kdy: 27. 06. 2018, 16:13:57 »

Zdravím,

máme výpočetní aplikace, které potřebují hodně vláken (desítky) a cca 2 GB paměti na vlákno po dobu několika dní.

Uvažujeme o tom, jestli by bylo vhodné a realizovatelné spojit několik pracovních stanic (3-4x workstation, 4-16 jader, Intel i AMD) do nějakého virtualizovaného stroje, který by se vůči výpočetním aplikacím prezentoval jako jeden stroj s mnoha jádry (kvůli kompatibilitě s aplikacemi).

Má smysl řešení typu virtuální cluster ubuntu s VMWARE nebo VirtualBoxem?
Jaké můžeme očekávat snížení reálného výkonu oproti jednoduchému součtu výkonů jednotlivých stanic?

Díky za rady.