Hmmm, co třeba použít find pro nalezení všech FLACů v nějakém podstromu (i s relativní cestou, ne jen jméno souboru), osekat z nich jméno souboru (dirname), seřadit je sortem a prohnat přes uniq, a pak prostě mkdir -p pro vytvoření adresářů? (Ten -p parametr vytvoří celou cestu jak je potřeba, všechny ty neexistující rodičovské adresáře.)
Tím máš vytvořenou adresářovou strukturu a stačí ti jen vzít seznam FLACů z prvního kroku, zkonvertovat a uložit s upravenou příponou.