Nerozumím "Vzhledem k velikosti souboru se mi nepodařilo ručně odstranit z kopie". Jak jsi je odstraňoval? My v práci používáme PDFsam (teda pro Windows, ale existuje i pro Linux) a tam dám prostě "visual reorder" a vymažu stránky, které nechci.
Pokud by program odmítl s tak velkým souborem pracovat (nevím, zatím jsem na takový problém nenarazil, ale zase běžně pracuji se soubory o maximálně desítkách stránek), tak bych zkusil tisk vybraných stránek na virtuální tiskárnu